Tujuan didirikannya Program Studi Studi Agama Agama, tidak dapat dipisahkan dari keinginan untuk memajukan STAIN Pontianak ketika itu, menjelang alih status menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Pontianak. Pendirian Program Studi Studi Agama Agama (yang awalnya Program Studi Perbandingan Agama), dipandang sangat mendesak, mengingat situasi dan kondisi Provinsi Kalimantan Barat yang rawan konflik dan berada di wilayah perbatasan. Keberadaan Program Studi ini diharapkan dapat menjadi “Sekolah Moderasi” bagi masyarakat, terutama generasi muda di wilayah Kalimantan Barat khususnya, dan di Indonesia pada umumnya.

Pendirian Program Studi Studi Agama Agama (Perbandingan Agama) dipimpin langsung oleh Ketua Program Studi pada saat itu, yaitu: Dr. H. Wajidi Sayadi, M.Ag, didukung oleh Tim Ahli Pengembangan Program Studi pada Program Studi. Tim Ahli Pengembangan Program Studi Perbandingan Agama ketika itu antara lain: Dr. Samsul Hidayat, Dr. Zaenuddin Hudi Prasojo, Drs. Ahmad Jais, M.Ag dan Sri Hidayati, M.Ag. Para Ahli ini merupakan alumni Ilmu Perbandingan Agama dari Universitas Gadjah Mada dan IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Setelah dirasa cukup, pada tahun 2013 (sebelum alih status menjadi IAIN), diajukanlah proposal pengembangan Program Studi, yaitu Program Studi Perbandingan Agama, Program Studi Psikologi Islam dan Program Studi Perpustakaan.

Pada tahun 2014, STAIN berubah status menjadi IAIN, sehingga Program Studi berubah menjadi Fakultas, pimpinannya pun berganti. Pimpinan Fakultas – Dekan – dijabat oleh Dr. H. Samsul Hidayat, MA, yang berlatar belakang Ilmu Perbandingan Agama. Proposal Pengajuan Pengembangan Program Studi, ditelusuri kembali dan ditindaklanjuti. Rapat Tim Teknis dan Tim Penilai Proposal Pembukaan Prodi Baru Perguruan Tinggi Agama Islam Tahun 2014, pada tanggal 28-30 Maret 2014 (penetapan oleh direktur jenderal, Kamarudin Amin). Akhirnya, keluarlah Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Nomor: 1277 Tahun 2015, tentang Ijin Penyelenggaraan Program Studi Perbandingan Agama di bawah naungan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Pontianak. Nomenklatur yang digunakan masih Program Studi, belum Program Studi. Program Studi Perbandingan Agama, berubah menjadi Program Studi Studi Agama Agama pada tahun 2016, berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 6943 Tahun 2016 Tentang Perubahan dan Penyesuaian Nomenklatur Program Studi Pada Perguruan Tinggi Keagamaan Islam (PTKI), Program Studi Perbandingan Agama dirubah menjadi Program Studi Studi Agama-Agama. Kemudian, pada tahun 2019, Program Studi Studi Agama Agama berubah lagi menjadi Program Studi Studi Agama Agama. Selanjutnya, pada tahun 2018, Program Studi Studi Agama Agama telah mengajukan akreditasi perdana, dengan peringkat akreditasi C, berdasarkan SK BAN-PT Nomor: 3596/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2018, tentang Status Akreditasi dan Peringkat Terakreditasi Program Studi Studi Agama Agama Pada Program Sarjana IAIN Pontianak, tahun 2018.

Ketua Program Studi Studi Agama Agama Pertama (2015-2018) adalah Amalia Irfani, M.Si, dengan Sekretaris Prodi bernama Wardah, M.Pd (Alm). Kemudian seiring pergantian kepemimpinan IAIN Pontianak, dari Dr. Hamka Siregar, M.Ag ke Dr. Syarif, MA, struktur di bawahnya juga berubah. Program Studi/Prodi SAA dipimpin oleh Ridwan Rosdiawan, MA dengan Sekretaris Prodi masih dipegang oleh Wardah, M.Pd (Alm). Selanjutnya, pada pertengahan periode kepemimpinan Dr. Syarif, MA, terjadi pergantian kepemimpinan Prodi SAA, di mana Ketua Prodi SAA digantikan oleh Elmansyah, M.S.I., dengan Sekretaris Prodi Raziki Waldan, MM. Kemudian, pada bulan September 2021 Sekretaris Prodi Studi Agama Agama digantikan oleh Abdullah Syifa, M.Pd. Pergantian ini terjadi karena adanya kebijakan yang mengarahkan setiap dosen harus sesuai dengan bidang keilmuannya. Kepemimpinan ini berlaku sampai akhir periode Dr. Syarif, MA, yaitu tahun 2018 sd. 2022.